由于军方科学家的离间，人类对变种人的愤恨空前，X教授与其带领的X特警们面对着和解或是反抗的难题。就在这时，一种新的治疗方法出现了，X战警们有两个选择：一是继续维持他们的“变种基因”，二是放弃超能力变回普通人。
